"Вниманию заведующих лабораториями и группами

Уважаемые коллеги!

В связи с распоряжением Президиума РАН "О плане мероприятий РАН по воспрепятствованию нанесения ущерба Российской Федерации" прошу вас срочно (к 1 июня) представить информацию о наличии в лаборатории (группе) Международных соглашений (договоров, контрактов). Прошу также принять к сведению необходимость выполнения нижеследующего:

1. О подготавливаемых заявках на международные гранты своевременно сообщать в дирекцию с предоставлением копии их ученому секретарю.

2. Информировать иностранный отдел ИОГен о всех визитах иностранцев в лабораторию (группу).

3. Своевременно представлять в иностранный отдел отчеты о результатах научных поездок за границу.

4. Копии всех статей, направляемых для публикации за рубеж, представлять Ученому секретарю Института".

Можно предположить, что аналогичные документы были разосланы во все научные учреждения страны. Понятно, что требование к российским ученым в 2001 г. сообщать о контактах с иностранцами, о заявках на международные гранты, предоставлять копии отправляемых за границу для публикации статей и отчитываться о загранпоездках было равносильно введению инквизиции.

Волна уголовных дел против ученых, военнослужащих и государственных служащих началась в 1990-х гг. с двух химиков, которые занимались проблемами разработки и уничтожения химического оружия - Вила Мирзоянова и Льва Федорова. Несмотря на то что доказать вину не удалось, Мирзоянова и Федорова несколько месяцев продержали в СИЗО. Арестовали их из-за того, что они написали статью, в которой рассказали о создании в России современных форм химического оружия.

В 1994 г. Вадим Синцов, директор по внешнеэкономическим связям АО "Спецмашиностроение и металлургия", бывший начальник Главного управления Министерства оборонной промышленности СССР, арестован за измену Родине в форме шпионажа (ст. 275 УК РФ). Передал британской разведке секретные сведения о российских вооружениях. Приговорен к 10 годам лишения свободы.

В конце 1995 г. началось дело Александра Никитина, журналиста-эколога. В феврале 1996 г. он был арестован и обвинен в государственной измене в форме шпионажа. Инициатором этого дела был друг Владимира Путина Виктор Черкесов, занимавший в тот момент пост руководителя Санкт-Петербургского УФСБ. Никитин участвовал в написании доклада "Беллоны" о ядерной безопасности на Северном флоте. И именно это было сочтено государственной изменой.

Никитин провел 10 месяцев в изоляторе ФСБ в Санкт-Петербурге, пока в декабре 1996 г. заместитель Генерального прокурора Михаил Катышев не подписал приказ о его освобождении из-под стражи. Несмотря на это, обвинения с него не были сняты. И эколога несколько лет таскали по судам.

В процесс вмешался директор ФСБ Владимир Путин: "Наше ведомство поступает, - заявил Путин по поводу дела Никитина, - исходя из государственных интересов. Остановлюсь на Никитине. Ведь что там на самом деле произошло? Он проник в библиотеку и взял сведения, которые являются секретными. Кстати, за свою "общественную деятельность" он получил денежное вознаграждение. Конечно, есть другой вопрос: насколько эти сведения актуальны сегодня? И с точки зрения политеса, в том числе международно-экологического, наверное, можно подумать о смягчении наказания. Но это должен решать суд. К сожалению, зарубежные спецслужбы, помимо дипломатического прикрытия, очень активно используют в своей работе различные экологические и общественные организации, коммерческие фирмы и благотворительные фонды. Вот почему и эти структуры, как бы на нас ни давили СМИ и общественность, всегда будут под нашим пристальным вниманием".

Но в 1999 г. Путин еще не был президентом, и Никитин был вчистую оправдан, поскольку те сведения, которые ФСБ и лично Путин считали "на самом деле секретными", по мнению суда такими не оказались. 13 сентября 2000 г. президиум Верховного суда России оправдал Никитина окончательно.

Дело корреспондента газеты Тихоокеанского флота "Боевая вахта" капитана 2-го ранга Григория Пасько началось в 1997 г. ФСБ утверждала, что Пасько обнародовал факты нанесения военными ущерба окружающей среде, в частности, передал японской стороне секретные данные об авариях на российских атомных подводных лодках, что являлось государственной тайной. В результате он был арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа, по 10 эпизодам.

Однако прямых доказательств, указывающих на намерения Пасько передать свои записи японским СМИ, в материалах дела не было, хотя ФСБ вела за Пасько активную слежку: вся его почта контролировалась, телефон прослушивался, в квартире Пасько была установлена подслушивающая аудиоаппаратура, а сам он находился под пристальным наблюдением оперативных сотрудников.

20 июля 1999 г. Пасько был осужден, правда, по совсем другой статье: ст. 285, ч. 1-я УК РФ ("злоупотребление служебным положением"), однако тут же был амнистирован и освобожден из-под стражи в зале суда, причем обе стороны - и Пасько, и ФСБ - были недовольны приговором: амнистированный направил апелляцию в военную коллегию Верховного суда (а также подал иск о защите чести и достоинства к начальнику УФСБ по Тихоокеанскому флоту контр-адмиралу Николаю Соцкову), а руководство управления ФСБ по Тихоокеанскому флоту направило в военную коллегию протест на "неоправданно мягкий" приговор.

25 декабря 2001 г. новый Тихоокеанский флотский военный суд признал Пасько виновным в шпионаже и приговорил его к четырем годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строгого режима. 15 января 2002 г. президент Путин, выступая на пресс-конференции в Париже, сказал, что не считает возможным вмешиваться в действия судебной системы, но готов рассмотреть прошение Пасько о помиловании, если тот к нему с таким прошением обратиться. При этом Путин - как когда-то по поводу Никитина - подчеркнул, что Пасько было предъявлено обвинение в том, что он передал иностранным гражданам за вознаграждение документы с грифом "секретно", утверждая, что этот эпизод доказан и ни у кого не вызывает сомнений, якобы даже у адвокатов Пасько.

Правда, 13 февраля 2002 г. Верховный суд России по жалобе адвокатов Пасько признал несоответствующим закону приказ Минобороны о секретных сведениях, из-за которого Пасько попал под статью. Но ни на мнении президента о "секретности", ни на положении Пасько это не сказалось. Пасько, так и не подавший Путину прошение о помиловании, был условно-досрочно освобожден городским судом Уссурийска 23 января 2003 г., отбыв в тюрьме в общей сложности два с половиной года.

В 1996 г. Платон Обухов, сотрудник МИД РФ, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передавал британской разведке МИ-6 сведения, составляющие государственную тайну. Признан невменяемым и направлен на принудительное лечение.

В том же году Владимир Макаров, кадровый дипломат, арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ информацию о танке Т-82, а также о кадровом составе советских загранпредставительств. Приговорен Мосгорсудом к 7 годам лишения свободы. Помилован президентом России.

В 1997 г. Моисей Финкель, старший научный сотрудник 14-го Научно-исследовательского института Военно-морского флота арестован по обвинению в государственной измене в форме шпионажа за то, что передал ЦРУ секретные сведения о новейших гидроакустических комплексах. Приговорен к 12 годам лишения свободы.

В том же году был арестован Игорь Дудник, майор Ракетных войск стратегического назначения. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, разглашение государственной тайны. Дескать, он пытался передать ЦРУ дискету с секретной информацией о ракетных войсках стратегического назначения. Приговорен к 12 годам лишения свободы.

В июле 1998 г. был арестован Валентин Моисеев, заместитель руководителя первого департамента стран Азии МИД России. Ему были предъявлены обвинения в шпионаже в пользу Южной Кореи, представители которой дескать завербовали дипломата в Сеуле во время служебной командировки (с 1992-го по 1994 г.). По утверждению прокуратуры, Валентин Моисеев работал на спецслужбы Южной Кореи с 1994-го по 1998 г., передавая им сведения, составляющие государственную тайну. По данным следствия он провел около 60 встреч с представителем южнокорейской разведки и передал ему копии 23 документов, касавшихся сотрудничества между Россией и КНДР, в том числе в военной сфере. Получал он за все это по 500 долларов месяц. Общая сумма полученных им денег составила 14 тысяч долларов. Сам Моисеев заявлял, что поддерживал дружеские отношения с представителями посольства Кореи, а передаваемые материалы не являлись секретными, были ранее опубликованы и составили основу его научной лекции "Политика России на Корейском полуострове". 16 декабря 1999 г. Московский городской суд признал дипломата виновным и приговорил его к 12 годам лишения свободы. Данные, приведенные в прилагаемых официальных публикациях прессы и в научных работах были судом признаны секретными.

После объявления приговора адвокаты Моисеева подали в Верховный суд России кассационную жалобу. Верховный суд отменил приговор и направил дело на новое рассмотрение. В августе 2001 г. Мосгорсуд, вновь признав Моисеева виновным в шпионаже, приговорил его к четырем с половиной годам лишения свободы, приняв во внимание состояние здоровья Моисеева и положительные характеристики с места работы. Адвокат Анатолий Яблоков при этом сообщил, что снижение судом меры наказания в данном случае свидетельствует не о гуманном отношении суда к шпионам, а об отсутствии доказательств виновности. С 14 марта 2002 г. по решению ГУИН Минюста Моисеев отбывал наказание в больнице в Торжке, поскольку заключенный страдал хроническим заболеванием желудка. Был освобожден 31 декабря 2002 г. После освобождения заявил, что намерен продолжать добиваться признания его невиновным, подал жалобу в Страсбургский суд.

В феврале 1999 г. началось дело Владимира Сойфера, профессора, заведующего лабораторией ядерной океанологии Тихоокеанского океанологического института (ТОИ) Дальневосточного отделения Российской Академии наук (РАН), сотрудника Федерального научного центра "Курчатовский институт". Сойфер занимался оценкой последствий взрыва реактора на атомной подводной лодке в бухте Чажма, неподалеку от Владивостока, в 1985 г., сопровождавшегося большим выбросом радиации. Результаты исследований по данной теме были опубликованы в российских и зарубежных научных изданиях.

В конце февраля Приморское управление ФСБ провело проверку в лаборатории Сойфера, во время которой по заявлению ФСБ были обнаружены ксерокопии документов службы радиационной, химической и биологической защиты и гидрографии Тихоокеанского флота с грифами секретности, сделанные в нарушение инструкции о секретном делопроизводстве. В частности, были скопированы два закрытых отчета, гидрологические данные и совершенно секретная карта залива Стрелок, бухт Разбойник и Чажма в Японском море, где базируются атомные подводные лодки Тихоокеанского флота. Обычно на таких картах бывают обозначены промеры глубин, направления подводных течений, температура; но вместе с этим на картах были данные о местах, где базируются российские подводные лодки. Сойфер признал, что нарушал правила копирования документов, однако оправдал свои действия тем, что документы помечены как секретные необоснованно.

В июне 1999 г. Приморское УФСБ посчитало, что деятельность Сойфера создает "угрозу государственной и военной безопасности страны" и провело в квартире Сойфера "проверку порядка обращения с секретными документами". В ходе проверки были изъяты различные документы и материалы, в том числе ксерокопии и фотонегативы карт под грифом "документ секретного пользования" (ДСП). Работы, которые вел Сойфер, были приостановлены, его лаборатория опечатана. По просьбе профессора, президиум Дальневосточного отделения РАН назначил экспертную комиссию из шести ученых. Комиссия провела независимую экспертизу материалов работ Сойфера и пришла к выводу, что ученый не держал у себя дома материалов, представляющих государственную тайну. Представители краевого УФСБ придерживались другой точки зрения, но дела против Сойфера заводить не стали, а ограничились вынесением предостережения. Начальником управления ФСБ по Приморскому краю был в то время генерал-майор Сергей Веревкин-Рохальский.

После этого В. Сойфер сам подал в суд на местное УФСБ, и в феврале 2000 г. суд Советского района города Владивостока признал проведенный у ученого дома обыск незаконным. Суд признал также, что во время обыска на квартире у Сойфера сотрудники УФСБ незаконно изъяли материалы научных разработок на кассетах, дискетах, а также заграничный паспорт ученого, и постановил вернуть изъятые вещи владельцу.

УФСБ обжаловало это решение в краевом суде, но в апреле 2000 г. Приморский краевой суд отклонил кассационную жалобу Управления ФСБ по Приморскому краю на решение суда Советского района Владивостока, который 11 февраля 2000 г. признал нарушения законов в действиях ФСБ при проведении "обследования" квартиры ученого. Сам Сойфер считал, что уголовное дело против него было возбуждено для того, чтобы отстранить ученого от участия в радиологической и экологической экспертизе бухты Чажма. Там, по его словам, бывшая администрация Приморского края намеревалась создать совместное предприятие с американским, российским и японским капиталом для переработки ближневосточной нефти с последующей продажей в страны Азиатско-Тихоокеанского региона, и работы Владимира Сойфера могли помешать осуществлению этого проекта.

В 1999 г. арестован Владимир Щуров, профессор Тихоокеанского института океанологии Дальневосточного отделения Российской академии наук (РАН), заведующий лабораторией акустических шумов океана. Инкриминируемые ему преступления: разглашение государственной тайны; дескать он передал Китаю секретные сведения о российских военных технологиях.

История его дела следующая. В августе 1999 г. Щуров был задержан на российско-китайской границе при попытке выехать в Харбин. Таможенники задержали созданные лабораторией Щурова акустические модули для телеметрической аппаратуры, вывозимые им для проведения совместных исследований с китайскими коллегами Харбинского университета. Сотрудники УФСБ по Приморскому краю сочли, что "система, созданная лабораторией акустических шумов океана, может использоваться как в мирных, так и в военных целях". Проведенная УФСБ экспертиза установила, что техника, созданная в лаборатории Тихоокеанского океанологического института, не имеет аналогов в мире, и отнесла ее к разряду государственных тайн. Все лаборатории, причастные к созданию системы, были опечатаны, документация изъята, договорные работы прекращены. Между тем лаборатория не имела военно-промышленной направленности и военных заказов. Из совместных с китайскими исследователями работ секрета не делалось. Все необходимые для этого документы были завизированы в соответствующих инстанциях, в том числе в ФСБ.

В свою очередь, представители УФСБ по Приморью заявляли, что ученые предоставили таможенным органам недостоверные данные о технических характеристиках приборов и что за некоторое время до этого у сотрудника лаборатории Юрия Хворостова, вылетавшего в Китай, были изъяты технологические чертежи, сокрытые под видом отчетов в научно-технической документации, а также переснятые на фотопленку, которая была вставлена в фотоаппарат под видом неэкспонированной, причем эти документы являлись государственной тайной. На этом основании ФСБ выдвинула обвинения против Щурова и Хворостова в незаконном экспорте технологий, контрабанде и разглашении государственной тайны.

В августе 2000 г. в своей квартире был найден повешенным 28-летний сын Щурова - Александр. Версии расходились: милиция утверждала, что это самоубийство, родители настаивали на том, что сына убили. Отец и мать Щуровы также сообщили, что уже позже они обнаружили пропажу лазерных дисков, на которых были зафиксированы все результаты работы отца и сына: итоги экспедиций, записи, чертежи и схемы.

После смерти сына Владимир Щуров заявил о своем желании покинуть Россию: "Нашу науку убивают. Утюг ФСБ - он выжигает все. И ситуация в стране такова, что здесь жить невозможно. Нас убивают… Убивают страну". Однако за границу Щурову уехать не разрешили, и после года следствия он был обвинен по ст. 188 (контрабанда), ст. 189 (незаконный экспорт технологий, научно-технической информации и услуг, используемых при создании оружия массового поражения, вооружения и военной техники) и части 2 ст. 289 (разглашение государственной тайны, повлекшее тяжкие последствия).

В результате с Хворостова прокуратура Приморья сняла все обвинения за недоказанностью, а Щуров в августе 2003 г. был признан виновным в разглашении государственной тайны, приговорен к двум годам лишения свободы условно и тут же амнистирован. Ни в обвинении, ни в приговоре не было указано, что именно разгласил Щуров. А во время слушаний судья взял за основу заключения экспертов из Министерства обороны, отказавшись выслушать мнение гражданских специалистов.

Вины своей Щуров не признал, но и не стал обжаловать приговор: "Я старый, больной человек. У меня нет на это ни сил, ни средств, ни здоровья. Я был готов к любому приговору. Трудно верить в закон, когда он не исполняется. Хорошо, что прокуратура проявила человечность и сняла большую часть обвинительных статей".

27 октября 1999 г. был арестован Игорь Сутягин, заведующий сектором военно-технической и военно-экономической политики Института США и Канады. Постановление о его аресте было вынесено через два дня: 29 октября 1999 г. Он обвинялся в государственной измене в форме шпионажа в пользу США (ст. 275 УК РФ), а именно в том, что за вознаграждение передавал в 1998-1999 гг. секретные сведения представителям военной разведки США Наде Локк и Шону Кидду, работавшим под прикрытием английской консалтинговой фирмы "Альтернатив фьючерс".

ФСБ России обвинила Сутягина по пяти эпизодам преступной деятельности. В частности, ему вменили в вину пять встреч с представителями иностранных спецслужб, в ходе которых он передал сведения по пяти темам. Эти сведения касались информации о ракете класса "воздух-воздух" РВВ-АЕ, и самолета Миг-29 СМТ. Кроме того, по версии следствия, Сутягин передал сведения о вариантах состава стратегических ядерных сил на период до 2007 г., о ходе реализации Министерством обороны планов по созданию соединений постоянной готовности, а также о составе и современном состоянии отечественной системы предупреждения о ракетном нападении. Также Сутягина обвиняли в том, что, являясь преподавателем Обнинского учебного центра ВМФ России, он выведывал у кадровых военных, обучавшихся в центре, секретную информацию для дальнейшей передачи иностранным резидентам. Сутягин работал в Обнинском центре с 1994 г., причем на общественных началах, не получая вознаграждения за свой труд. Первоначально дело расследовало управление ФСБ по Калужской области.

27 декабря 2001 г. Калужский областной суд признал, что при назначении и производстве экспертиз степени секретности органом предварительного расследования были допущены нарушения уголовно-процессуального закона, что привело к ограничению гарантированных законом прав обвиняемого Сутягина, и направил дело на дополнительное расследование. Сутягина перевели в СИЗО "Лефортово" в Москву.

С 15 марта 2004 г. процесс по делу Игоря Сутягина проходил в Московском городском суде. 7 апреля Московский городской суд приговорил Игоря Сутягина к 15 годам лишения свободы с отбыванием срока наказания в колонии строгого режима. Его признали виновным в государственной измене в форме шпионажа в пользу США: сборе, хранении и передаче представителям американской военной разведки сведений, составляющих государственную тайну. Присяжные сочли, что Сутягин не заслуживает снисхождения, причем государственный обвинитель просил приговорить ученого к 17 годам лишения свободы. Срок наказания исчисляется с момента формального ареста (29 октября 1999 г.).

Между тем, сам Сутягин вины не признал. Он утверждал, что не имел доступа к государственной тайне и пользовался для подготовки аналитических материалов только открытыми источниками. У адвокатов Сутягина были неопровержимые доказательства, что вся содержавшаяся в бумагах Сутягина информация была взята из открытых источников и доступна всякому, кто хотел ее прочесть, а также, что у Сутягина никогда не было доступа к государственным секретам.

14 апреля 2004 г. защита Игоря Сутягина подала в Верховный суд жалобу с просьбой отменить обвинительный приговор Мосгорсуда, поскольку в ходе процесса "были допущены существенные нарушения уголовно-процессуального закона". В частности, была произведена необоснованная смена состава суда присяжных; в ходе процесса суд, по мнению защиты, рассматривал недопустимые доказательства. Кроме того, "перед присяжными судом были поставлены вопросы, выходившие за пределы предъявленного Сутягину обвинения: в частности, задавался вопрос, действовал ли он по поручению иностранной разведки, хотя ему это не инкриминировалось". Судья так сформулировала вопросы для присяжных, что подтолкнула их к даче "нужных" ответов. Например, она опустила слово "секретные", когда попросила ответить, передавал ли Сутягин материалы за вознаграждение.

23 апреля 2004 г. Общественный комитет защиты ученых обратился с открытым письмом в Парламентскую ассамблею Совета Европы. "Общественный комитет защиты ученых" был создан 2 октября 2002 г. группой ученых и представителей общественных организаций, причиной создания Комитета явилась озабоченность научной общественности и правозащитников судьбой талантливых ученых, бездоказательно обвиняемых ФСБ в тяжких преступлениях. В открытом письме, в частности, говорилось:

"Ловкой имитацией правосудия и справедливости оказывается даже суд присяжных, если речь идет о деле, инициированном ФСБ. Таким, по крайней мере, был суд над Игорем Сутягиным. В процессе не было даже намека на равенство сторон: удовлетворялись любые пожелания обвинения и игнорировались законные требования защиты. Голословные утверждения обвинения были признаны доказательствами. Единогласное голосование присяжных по вопросам, в которых был искажен даже смысл обвинения, вызывает обоснованное сомнение в их независимости. Даже теоретически группа их 12 человек не может единогласно проголосовать за сомнительные доказательства обвинения".

Письмо подписали Виталий Гинзбург (лауреат Нобелевской премии, академик РАН), Лев Пономарев (ООД "За права человека"), Сергей Ковалев (правозащитник, узник совести), Григорий Пасько (журналист, узник совести), Юрий Рыжов (академик РАН), Алексей Симонов (Фонд защиты гласности), Эрнст Черный (правозащитник), о. Глеб Якунин (правозащитник, узник совести, священник).

В 1999 г. арестован Александр Никитин, капитан 1-го ранга. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа и разглашение государственной тайны при подготовке доклада "Северный флот - потенциальный риск радиоактивного загрязнения региона" для норвежской экологической организации "Беллуна". Оправдан городским судом Санкт-Петербурга.

В 2000 г. арестован Сергей Величко, капитан 3-го ранга, заместитель командира корабля. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа, сотрудничество со шведскими спецслужбами. Приговорен Военным судом Балтийского флота к пяти годам лишения свободы.

В том же году в Москве был арестован гражданин США Эдмонд Поуп, отставной офицер морской разведки США. Инкриминируемые ему преступления: шпионаж. В декабре 2000 г. Поуп был приговорен Московским городским судом к 20 годам лишения свободы. В феврале 2001 г. приказом президента Путина Поуп был помилован и выслан на родину в США.

В апреле 2000 г. в связи с делом Поупа был арестован Анатолий Бабкин, профессор МГТУ имени Баумана, заведующий кафедрой ракетных двигателей МГТУ. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена. ФСБ утверждала, что Бабкин передал секретные сведения о российской торпеде "Шквал" Эдмонду Поупу.

Первоначально Бабкин выступал главным свидетелем по делу Поупа, дал показания, подтверждающие шпионаж американского гражданина, но затем отказался от своих показаний, заявив, что они были даны под давлением следствия. В феврале 2003 г. Бабкин был приговорен по статье "государственная измена" к 8 годам лишения свободы условно (учитывая преклонный возраст профессора и его заслуги). Суд признал его виновным в передаче американскому шпиону Эдмонду Поупу отчетов о технических характеристиках подводной скоростной ракеты "Шквал". Бабкину был назначен испытательный срок в пять лет, его лишили звания Заслуженного деятеля науки и права заниматься профессиональной и научной деятельностью в течение трех лет, еще на три года он был лишен права занимать должность заведующего кафедрой ракетных двигателей МГТУ им. Баумана. Сам Бабкин утверждал, что передавал бумаги совершенно официально, в рамках сотрудничества между МГТУ и Пенсильванским университетом (договор о сотрудничестве был подписан в 1996 г.). Представители Военно-морского флота России посчитали, что, раскрыв секреты ракеты "Шквал", профессор МГТУ нанес флоту ущерб в 26.800.000 рублей (меньше миллиона долларов). По крайней мере именно такая сумма значилась в гражданском иске, который подал ВМФ против Анатолия Бабкина.

16 февраля 2001 г. был арестован Валентин Данилов, физик, заведующий кафедрой Теплофизического центра Красноярского государственного технического университета. В 1999 г. Данилов от имени Красноярского технического университета подписал контракт с Всекитайской экспортно-импортной компанией точного машиностроения и с Институтом физики Ланчьжоу Китайской аэрокосмической корпорации. В рамках контракта Данилов должен был изготовить исследовательский стенд, который моделировал электризацию поверхности твердых тел в вакууме под влиянием электронов средних энергий и ультрафиолетового излучения. Такое явление наблюдается при воздействии космической плазмы на спутники в космосе. 24 мая 2000 г. сотрудники регионального управления ФСБ по Красноярскому краю предъявили физику обвинение в разглашении государственной тайны. Почти год спустя, 16 февраля 2001 г., Данилова обвинили еще и в государственной измене в форме выдачи государственной тайны и в мошенничестве. Первое обвинение - статья 275 УК РФ - государственная измена в форме шпионажа - предусматривающая наказание в виде лишения свободы сроком от 12 до 20 лет, было сформулировано ФСБ. Обвинение в мошенничестве, вернее, в растрате средств, выдвинуто Техническим университетом. Сумма, фигурирующая в иске - 466 тысяч рублей (меньше 15 тысяч долларов). С этого момента ученый находился в СИЗО Красноярска.

По мнению ФСБ во время сотрудничества с китайской стороной Даниловым были переданы Китаю секретные разработки России. Защита Данилова располагала заключениями экспертов о том, что с изобретений Данилова 8 лет назад был снят гриф секретности. Поэтому адвокаты были уверены в положительном исходе дела.

После полутора лет заключения Данилов по решению суда Центрального района Красноярска был освобожден из-под стражи под подписку о невыезде. За все это время обвиняющая сторона (ФСБ) так и не смогла представить веских доказательств виновности физика. Сам Данилов считал, что "ученый-физик никогда не может быть государственным изменником. За открытия, которые происходят в физике, ученым дают Нобелевские премии, хотя на основании этих открытий может быть создано оружие. Физик раскрывает тайны природы, а не государственные тайны".

После того как Данилова выпустили из СИЗО, он баллотировался в депутаты Государственной думы от Енисейского избирательного округа № 48. Однако выборы Данилов не выиграл, набрав всего 6,42%. В декабре 2003 г. Данилов был оправдан судом присяжных. Из 12 присяжных восемь человек сочли доказательства прокуратуры неубедительными, а ученого-физика невиновным по всем статьям. После судебного заседания Данилов заявил, что он был полностью уверен в том, что его оправдают, но этот арест отбросил назад российскую науку в плане международного сотрудничества. В частности, спутник, который был создан в результате совместных усилий Китая и Европейского космического агентства (ЕКА), мог бы быть создан при участии Китая и России, так как разработки российских ученых были лучше, чем у ЕКА.

В январе 2004 г. Красноярская прокуратура подала кассационную жалобу на оправдательный приговор, вынесенный судом присяжных. Обвинители просили Верховный суд отменить вердикт присяжных и направить дело на новое рассмотрение. В Москву прибыла делегация представителей красноярских спецслужб, "целая команда красноярского ФСБ". "Какое они сейчас имеют отношение к процессу - непонятно. Ведь их роль закончилась, когда материалы дела были переданы в прокуратуру", - возмущался один из сторонников Данилова.

В итоге 9 июня 2004 г. Коллегия Верховного суда РФ отменила оправдательный приговор Данилову и направила дело на новое рассмотрение. Адвокаты Данилова считали, что решение Коллегии было продиктовано свыше. В ноябре 2004 г. Данилов был приговорен судом за шпионаж в пользу Китая к 14 годам лишения свободы с отбыванием срока в колонии строго режима.

В 2001 г. арестован Виктор Калядин, генеральный директор ЗАО "Элерс-Электрон, Лтд". Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передал секретные сведения сотрудникам ЦРУ. Приговорен к пяти годам лишения свободы.

В том же году арестован Валентин Моисеев, заместитель руководителя 1-го департамента стран Азии Министерства иностранных дел (МИД) России. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передал секретные сведения сотруднику разведки Южной Кореи. Приговорен Мосгорсудом к 4,5 года лишения свободы.

В том же году арестован Александр Запорожский, бывший заместитель начальника 1-го отдела Управления контрразведки СВР. Инкриминируемые ему преступления: государственная измена в форме шпионажа. Передавал представителям спецслужб США секретную информацию о деятельности российских разведорганов и их кадровом составе. Приговорен Московским окружным военным судом к 18 годам лишения свободы.

В том же году арестован Михаил Трепашкин, адвокат, полковник ФСБ, участник пресс-конференции Литвиненко в ноябре 1998 г. Осужден Московским окружным военным судом, до сих пор находится в заключении.

15 декабря 2002 г. директор ФСБ Патрушев сообщил об отказе продлить въездные визы 30 сотрудникам "Корпуса мира" (американской организации, беспрепятственно работавшей в России с 1992 г.) за "сбор информации о социально-политической и экономической обстановке в российских регионах, сотрудниках органов власти и управлений, ходе выборов". Патрушев рассказывал об отказе как о безусловном успехе органов ФСБ в деле борьбы против засылаемых в Россию иностранных шпионов.

Борьба с отечественными шпионами между тем не затихала. В период с мая по декабрь 2004 г. в Приморье за шпионаж было осуждено 11 человек.

17 марта 2006 г. Управление ФСБ Новосибирской области возбудило уголовное дело по статье "разглашение государственной тайны" в отношении известного ученого доктора физико-математических наук Олега Коробейничева, однако он сумел доказать свою невиновность и заставил следователей ФСБ перед ним извиниться. Тогда в 2007 г. то же Управление ФСБ возбудило уголовное дело против сотрудников Новосибирского государственного технического университета братьев Игоря и Олега Мининых, и снова по обвинению в разглашении государственной тайны. Секретные материалы следователи ФСБ нашли в книге, которые ученые опубликовали тиражом в 50 экземпляров к 50-летию Сибирского отделения РАН. Все 50 экземпляров книги были конфискованы.

Абсурдность обвинений и ситуации в делах о шпионаже усугубляется тем, что трактовка государственной тайны и ее разглашения почти всегда остается за ФСБ, а суд с каждым годом становится все менее и менее независимым. В результате десятки ученых оказались в заключении. Сотни - потеряли возможность работать. Было бы неправильно утверждать, что об этих случаях не знает российская и международная общественность. О них все знают. О них все пишут. Только, как сказал президент Путин: "Товарищ волк знает, кого кушать. Кушает, и никого не слушает".